Die beeindruckenden Leistungssteigerungen in der Computertechnologie, die miniaturisierten automatischen Systeme und die mannigfachen Einsatzmöglichkeiten neuer Massenspektrometer ermöglichten den Übergang von Einzel- zu Hochdurchsatzexperimenten in der modernen (Bio-)Analytik. Allerdings mangelt es noch an der Überprüfbarkeit der Ergebnisse aus diesen leistungsfähigen Methoden. Im Bereich der Proteomforschung werden oft automatische Datenbanksuchprogramme standardmässig zur Auswertung massenspektrometrischer Daten genutzt. Werden aber bei den herkömmlichen Methoden zur Identifizierung von Peptiden und Proteinen aus komplexen Probenmischungen auch verifizierbare, validierte Ergebnisse erhalten? Der Autor Vinh An Thieu-Simchen gibt einführend einen Überblick über seine verwendeten Techniken und stellt einige instrumentelle Parameter gegenüber. Anhand dieser Erkenntnisse analysiert er Faktoren, die eine Beurteilung der Resultate aus den automatischen Suchprogrammen beeinflussen. Dabei untersucht er neue Ansätze zur Verbesserung der massenspektrometrischen Proteomanalyse und entwickelt eine neue, optimierte Analysenmethode, die zu vertrauenswürdigen Ergebnissen führt.
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